Насколько я знаю, на втором перке (умении) штраф за переобучение не отражается.
То есть, после переобучения у Вас первый перк стал скажем 90%. Докачаете до 100% и второй перк сразу прибавится до того уровня, который был.
К этому же можно прийти рассуждая по-другому.
Вторым перком можно пользоваться только прокачав первый до 100%
Соответственно, если первый перк у Вас не 100%, вторым пользоваться Вы не можете.